Panen merupakan salah satu tahapan dalam budidaya tanaman kedelai yang turut serta menentukan kuantitas hasil budidaya. Secara ekonomi, kegiatan panen akan berpengeruh terhadap pendapatan usahatani.
Kegiatan panen harus dilakukan dengan baik dan benar untuk meminimalir kehilangan hasil akibat panen. Beberapa hal yang perlu diperhatikan dalam pemanenan komoditas kedelai adalah umur panen, waktu panen, dan cara pemanenan.
1. Umur Panen
Umur panen kedelai tergantung pada varietas kedelai yang ditanam. Kedelai genjah dapat dipenan pada umur kurang dari 80 hari. Kedelai sedang dipanen pada umur 80-85 hari. Dan kedelai dalam dipanen saat berumur lebih dari 86 hari.
Kedelai memiliki umur masak fisiolgis yang lebih panjang ketika ditanam di daerah yang lebih tinggi. Selisih umur panen kedelai pada dataran tinggi dan dataran rendah adalah sekitar 10-20 hari. Penggunaan kedelai juga berpengaruh terhadap umur panen tanaman kedelai. Kedelai yang dipanen untuk tujuan konsumsi dipanen pada umur 75-100 hari. Dan kedelai yang akan dijadikan benih dipenen pada saat tanaman berumur 100-110 hari.
Ciri kedelai yang sudah matang secara fisiologis adalah sebagian besar daun (90-95%) sudah menguning, kecoklatan, lalu gugur. Batang sudah kering dan berubah warna dari hijau menjadi kuning. Polong juga sudah kelihatan tua, agak kuning, dan gundul.