Penyimpanan merupakan salah satu tahapan pascapanen dalam agribisnis bawang merah. Penyimpanan bawang merah dimaksudkan untuk mempertahakan kualitas bawang merah. Ruang penyimpanan dan teknik penyimpanan yang baik dapat memperpanjang umur simpan bawang merah tanpa mengurangi kualitas secara signifikan. Perubahan pada bawang merah setelah dipanen dapat diminimalisir dengan ruang dan teknik penyimpanan yang tepat.
Secara konvensioanl, bawang merah disimpan dalam gudang yang teduh dengan ventilasi yang baik. Disimpan pada suhu 25-30 C dan kelembaban 70-75%. Di dalam gudang, bawang merah ditata di atas rak/ para-para. Rak atau para para harus bersih dan bebas dari patogen penyebab penyakit. Untuk bibit, penyimpanan dilakukan selama 2-3 bulan. Untuk konsumsi, penyimpanan dilakukan maksimal selama 2 bulan.